Aquí les dejo 3 opciones para formatear pendrive en linux:

1. Usando GParted; Gparted es un editor de particiones que sirve para crear, eliminar particiones, formatearlas, redimensionarlas, etc.

Esta vez vamos a usarlo para formatear pendrive; si no tenemos instalado Gparted lo podemos instalar simpelmente desde los repositorios oficiales de ubuntu.

Una vez instalado accedemos a él desde: sistema/administración/editor de particiones.

Ahora vamos al proceso:

1. Colocamos el pendrive
2. Abrimos Gparted
3. Elegimos el dispositivo como lo muestro aquí en esta captura:

4. Luego hacemos clik derecho sobre la unidad a formatear y seleccionamos Desmontar:

5. Nuevamente clik derecho, Formatear como; allí puedes optar por diferentes formatos, usa fat32 si quieres que sea compatible con Windows:

. Por último sólo debes aplicar los cambios:

Esto es otra cosa; pero si quieres ponerle un nombre a tu pendrive, también puedes hacerlo con GParted, simplemente seleccionas la unidad, y clik derecho Etiqueta; con esto y luego de aplicar los cambios ya tiene nombre tu pendrive:

2. Con Gnome Format; Gnome Format es una simple aplicación para dar formato a memorias USB, SD, etc; la podemos descargar desde su página principal: http://live.gnome.org/gnome-format o descargar el paquete .deb desde GetDeb

Una vez instalada la encontramos en Aplicaciones/ Herramientas del Sistema,

Pasos para dar formato con Gnome Format:

1. Desmontamos el volumen (clik derecho sobre icono en escritorio y elegimos "desmontar volumen"),pero no lo sacamos.

2. Simplemente tenemos que elgir la memoria extraible a formatear y elegir el tipo de formato que quermos darle, que como se ve en la imagen hay 2: Fat32 y ext2:

3. Por último la otra opción para dar formato es usando la terminal:

Primero que nada, conectar el pendrive; y fijarnos cuál es el dispositivo a formatear y su ubicación.

Eso lo podemos hacer desde la terminal con el comando mount:

El comando que vamos a usar para formatear es mkfs:
mkfs "formato" "unidad a formatear"

Usaremos el formato vfat el cual es compatible con windows, para poder intercambiar archivos, también podría ser ext2 o ext3 (pero sólo compatible con linux)

La unidad a formatear corresponde a /dev/sdc1 (ojo!, en mi caso, para eso debemos fijarnos en lo que nos dice el comando mount)

Otra forma para poder fijarnos cuál es el la ubicación correcta del dispositivo a formatear es ir a sistema /administración/ monitor de sistema:

Alli vemos claramente que la usb a formatear corresponde en mi caso a /dev/sdc1

Luego de ver la ubicación; debemos desmontar el pendrive (clik derecho sobre el ícono del pendrive en el escritorio, desmontar)

Luego si ejecutamos el comando: sudo mkfs.vfat /dev/sdc1 (la parte en rojo corresponde a la ubicación que tenga cada uno) y listo!